Il 10 settembre 1940, viene trasferito al 12° Reggimento Genio e nell'ottobre dello stesso anno ottiene di frequentare il corso di "guastatore del Genio", al termine del quale consegue il brevetto. L'11 gennaio 1941 parte da Napoli alla volta dell'Africa settentrionale con la 3 compagnia "Folgore" del XXXII btg. guastatori, nel quale svolge un intenso addestramento.
Nel maggio 1941, il suo reparto viene impiegato in operazioni di guerra sul fronte di Tobruk. Durante questi scontri, nonostante fosse ancora convalescente per una ferita ad una gamba provocata dall'esplosione di una carica di tritolo in una precedente azione del 7 aprile 1941, riesce ad ottenere di partecipare ad una missione che ha come obiettivo la conquista di una postazione nemica. Riceve l'incarico di "portacarica" e con un compagno riesce ad oltrepassare un varco aperto nel reticolato che protegge la postazione. Alle ore 0.45 del 16 maggio 1941, Emilio Caizzo si trova così a ridosso del fortino. Viene ferito diverse volte, ma ciò non gli impedisce di portare a termine la missione, sistemando la carica sulla postazione nemica prima di essere colpito a morte. Per questo gesto eroico gli viene concessa la Medaglia d'Oro al V.M. con la seguente motivazione:
«Volontario guastatore, sebben a riposo per ferita riportata in precedente azione, chiedeva ed otteneva di partecipare quale portacarica, all'attacco di munita ridotta nemica. Oltrepassato con un compagno il varco nel reticolato sotto l'intenso fuoco, sebbene colpito da schegge di granata, riusciva a portarsi sotto l'opera fortificata e a provocare lo scoppio della carica, distruggendo due mitragliatrici nemiche. Colpito una seconda volta più gravemente e già allo stremo delle forze, visto cadere il compagno, con epico gesto gli strappava dalle mani la carica già accesa e la portava sulla postazione nemica, ove in supremo olocausto immolava la giovane vita per la Patria».
Nel novembre 1976, il suo gesto è immortalato da Paolo Caccia Dominioni già Comandante del XXXI btg. guastatori d'Africa - in un disegno che lo ritrae mentre compie l'ultimo balzo verso la postazione nemica con la carica nelle mani.
